Quais são os desafios ao se trabalhar com extração de DNA de amostras teciduais estocadas em blocos de parafina?

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Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1285275

RESUMO

Objetivou-se descrever a ocorrência do Bovine alphaherpesvirus 5 (BoHV5) como causa de meningoencefalite não supurativa em bovinos do estado de Pernambuco, Brasil. Para tanto, 32 amostras de sistema nervoso embebidas em parafina foram obtidas de animais acometidos por doenças neurológicas atendidos na Clínica de Bovinos de Garanhuns da Universidade Federal Rural de Pernambuco (CBG-UFRPE), entre 2012 e 2016. As amostras foram analisadas quanto à presença do gene da glicoproteína C do BoHV5 por reação em cadeia da polimerase (PCR). Dois animais (6,25%) tiveram resultado positivo à PCR, e sua análise de sequenciamento indicou 100% de similaridade para o BoHV5. Os resultados histopatológicos desses dois animais revelaram lesões multifocais de meningoencefalite não supurativa associada à polioencefalomalácia, presença de corpúsculos de inclusão basofílicos, infiltração de células de Gitter e presença de manguitos perivasculares. A PCR se mostra uma importante ferramenta para diferenciação das infecções por BoHV5 de outras enfermidades neurológicas de bovinos, especialmente a raiva.(AU)

Assuntos

2.

Artigo em Espanhol | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-1376834

RESUMO

Resumen Las alteraciones en la metilación de dinucleótidos CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en cáncer que tiene uso potencial como biomarcador. Su evaluación, a partir de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE), representa un gran desafío dadas la degradación parcial, el entrecruzamiento y las bajas cantidades del DNA obtenido. En esta nota técnica, describimos un protocolo para el estudio del estado de metilación del promotor distal del proto-oncogén K-RAS, a partir de varias muestras obtenidas de dos tejidos FFPE de cáncer colorrectal con antigüedad de 11 años. Se empleó un protocolo de conversión con bisulfito alternativo al usual; se usó una DNA polimerasa modificada y una PCR anidada y se optimizó la secuenciación directa del DNA convertido con bisulfito. Este protocolo podría ser aplicado para determinar estados de metilación en otros genes y tipos de cáncer en tejidos FFPE.

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Abstract Alterations in the methylation of CpG dinucleotides in promoter regions is one of the epigenetic mechanisms involved in cancer that has potential use as a biomarker. Its evaluation from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues represents a great challenge given the partial degradation, crosslinking, and low amounts of the obtained DNA. In this technical note we describe a protocol for the study of the methylation status of the distal promoter of the K-RAS proto-oncogene from several samples obtained from two 11-years old FFPE tissues of colorectal cancer. An alternative bisulfite conversion protocol to the usual one was used; a modified DNA polymerase and a nested PCR were used and the direct sequencing of the converted DNA with bisulfite was optimized. This protocol could be applied to determine methylation states in other genes and types of cancer.

3.

Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS | ID: biblio-893567

RESUMO

ABSTRACT Introduction: Tissue microarray (TMA) is considered an innovative method in several fields, with a great diversity of applications and advantages over traditional histomorphometric techniques. The most important advantage that TMA offers is the simultaneous evaluation of a large number of specimens from a limited source of material. However, TMA exhibits a high rate of non-viable samples in the final stages of the process, which compromise their use in analyzes that can not be repeated. Objective: Considering this disadvantage, the objective of this study was to optimize the methodology to maximize the viability of the samples, as well as to increase the efficiency of the technique. Material and methods: For this purpose, several variables involved in the construction of the recipient blocks, including paraffin composition, diameter, spacing distance, localization and type of the tissue samples in the block were tested in order to establish correlations between the quality of the values and the parameters studied. Results: The results showed that the blocks built with polymer-enriched paraffin, subjected to the fusion protocol at 37ºC, associated to a tempering, and constructed with one millimeter diameter samples and 1000 µm spacing between tissues, produced slides whith superior features. Conclusion: The data obtained from the physical and chemical adjustments of the TMA recipient blocks provided vital information that, when applied in TMA research projects, may reduce the losses associated with the method.

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RESUMO Introdução: O microarranjo tecidual (MAT) é considerado um método inovador em vários campos, com uma vasta diversidade de aplicações e vantagens em relação às técnicas histomorfométricas clássicas. A vantagem mais importante que o MAT oferece é a avaliação simultânea de um grande número de espécimes de uma fonte limitada de material. Contudo, ele apresenta uma taxa elevada de amostras não viáveis nos estádios finais do processo, o que compromete sua utilização em análises que não podem ser repetidas. Objetivos: Considerando essa desvantagem, o objetivo deste estudo foi otimizar a metodologia para maximizar a viabilidade das amostras, bem como aumentar a eficiência da técnica. Material e métodos: Para tanto, foram testadas várias variáveis envolvidas na construção dos blocos receptores, como composição da parafina, diâmetro, distância de espaçamento, localização e tipo das amostras de tecido no bloco, a fim de estabelecer correlações entre a qualidade dos valores e os parâmetros estudados. Resultados: Os resultados mostraram que os blocos construídos com parafina enriquecida em polímero, submetidos ao protocolo de fusão a 37ºC, acoplados a ciclos de aquecimento e resfriamento e construídos com amostras de um milímetro de diâmetro e espaçamento entre os tecidos de 1000 µm, produziram lâminas com características superiores. Conclusão: Os dados obtidos dos ajustes físicos e químicos dos blocos de receptores de MAT forneceram informações vitais que, quando aplicadas em projetos de pesquisa de MAT, podem reduzir as perdas associadas ao método.

4.

Univ. sci; 22(1): 71-85, Jan.-Apr. 2017. tab, graf

Artigo em Inglês | LILACS, COLNAL | ID: biblio-904706

RESUMO

Resumen Gracias a su débil polaridad y gran área superficial, los soportes de carbón activado tienen el potencial de aumentar la dispersión de los sulfuros metálicos. La ausencia de una interacción fuerte metal-soporte puede conducir a la formación de una fase Ni-Mo-S muy activa y estable. En este estudio se prepararon catalizadores por el método de co-impregnación, con diferentes cantidades de níquel y molibdeno y soportados sobre carbón activado comercial, y se caracterizaron por técnicas BET, XRF y SEM. Se evaluó su actividad catalítica para el hidroprocesamiento de aceite de Jatropha utilizando un reactor por lotes, y se determinó la composición de los productos líquidos y gaseosos. Los resultados mostraron que los productos gaseosos están compuestos principalmente de grandes cantidades de propano y pequeñas cantidades de otros hidrocarburos livianos (C1 a C5). Los hidrocarburos líquidos fueron principalmente una mezcla de n-parafinas de C15-C18 y de algunos compuestos oxigenados. Los catalizadores presentaron una fracción de masa de 3 % Ni, 15 % Mo (Ni3Mo15/AC) y mayor selectividad hacia hidrocarburos C17-C18, con una distribución de productos similar al catalizador Ni-Mo-S soportado en alúmina comercial.

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Abstract Due to their weak polarity and large surface area, activated carbon supports have the potential to enhance the dispersion of metal-sulfides. It is expected that the absence of a strong metal-support interaction can result in the formation of a very active and stable Ni-Mo-S phase. In this study, catalysts with different amounts of nickel and molybdenum supported on a commercial activated carbon were prepared by a co-impregnation method and characterized by BET, XRF, and SEM techniques. The catalytic activity for hydroprocessing of Jatropha oil was evaluated in a batch reactor, and the composition of the liquid and gaseous products were determined. Results showed that gaseous products are mainly composed of high amounts of propane and small amounts of other light hydrocarbons (C1 to C5). Liquid hydrocarbon products consisted of a mixture containing mainly n-paraffins of C15-C18 and some oxygenated compounds. The catalysts with a mass fraction of 3 % Ni, 15 % Mo (Ni3Mo15/AC) presented the highest selectivity toward C17-C18 hydrocarbons, with a product distribution similar to a commercial alumina-supported Ni-Mo-S catalyst.

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Resumo Devido a sua baixa polaridade e amplia área superficial, os suportes de carvão ativado possuem o potencial de aumentar a dispersão de sulfetos metálicos. A ausência de uma forte interação suporte-metal pode levar a formação de uma fase Ni-Mo-S muito ativa e estável. Neste estudo, foram preparados catalizadores com diferentes teores de níquel e molibdênio suportados em carvão ativado comercial por um método de co-impregnação e caracterizados pelas técnicas BET, XRF e SEM. A atividade catalítica foi avaliada para o hidroprocessamento do óleo de Jatropha em um reator por lotes, e se determinou a composição dos produtos líquidos e gasosos. Os resultados mostraram que os produtos gasosos são compostos principalmente por altos teores de propano e pequenos teores de outros hidrocarbonos leves (C1-C5). Os hidrocarbonos líquidos consistiram de uma mistura contendo principalmente n-parafinas de C15-C18 e alguns compostos oxigenados. Os catalizadores apresentaram uma fração de massa de 3 % Ni, 15 % Mo (Ni3Mo15/AC) e uma maior seletividade em relação aos hidrocarbonos C17-C18, com uma distribuição de produtos similar ao catalizador comercial Ni-Mo-S suportado em alumina.

Assuntos

5.

Artigo em Inglês | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1095960

RESUMO

A placa aural é uma dermatopatia associada à quatro Equus caballus papillomavirus (EcPVs). Até o momento, o DNA de EcPVs não foi identificado em amostras de placa aural fixadas em formalina e embebidas em parafina (FFPE). O objetivo deste estudo foi otimizar um método para a detecção dos quatro tipos de EcPVs em 21 amostras FFPE usando a PCR. O DNA dos EcPVs foram detectados em 11 amostras (52.4%). O DNA do EcPV4 foi detectado em 38.1% (8/21) e do EcPV3 em 4.8% (1/21) das amostras. Coinfecção foi identificada em duas amostras (9.5%); EcPV4 e 5 foram detectados simultaneamente em uma amostra, enquanto o DNA dos EcPV4 e 6 foi detectado em outra. A especificidade do DNA dos papilomavírus equinos foi avaliada por sequenciamento gênico direto, que confirmou a especificidade dos produtos. A metodologia de PCR proposta possibilita o diagnóstico dos EcPV3, 4, 5 e 6 em amostras FFPE de placa aural equina.(AU)

Assuntos

6.

Artigo em Português | LILACS | ID: lil-777683

RESUMO

Introdução: A literatura não tem evidenciado um consenso sobre o tratamento da área doadora de enxerto de pele. Curiosamente, apesar da malha de fibra de celulose e Jenolet (parafina) serem utilizados há muitos anos em áreas doadoras de enxerto, em busca no PubMed, nenhum estudo foi encontrado comparando estes dois tipos de curativos. Objetivo: Comparar a cicatrização das áreas doadoras de enxertos de pele com uso de Jelonet e malha de fibra de celulose salinizada. Método: Estudo prospectivo e randomizado envolvendo 37 pacientes admitidos na Unidade de Queimados do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo- HCFMRP-USP; 20 e 17 pacientes usaram curativos com malha de fibra de celulose e Jenolet, respectivamente. As áreas doadoras foram avaliadas comparativamente para sangramento, secreção serosa, infecção, vermelhidão, descolamento do curativo, intensidade da dor (escala visual analógica) e reepitelização. Resultados: Os grupos não diferiram significativamente em termos de sangramento, secreção serosa, infecção, descolamento local, ou vermelhidão. No entanto, a reepitelização ocorreu mais cedo no grupo com curativo parafinado em comparação com o grupo com a malha de fibra de celulose, com diferença estatística para a coxa (10,7±2,3 dias para o grupo com malha de fibra de celulose e 8,3±1,63 dias para o grupo com curativo parafinado, p=0,01). Além disso, a dor tendeu a ser menos intensa no grupo com curativo parafinado. Conclusão: A gaze impregnada com parafina (Jelonet) promove reepitelização mais rápida no local doador de enxerto de pele parcial, com potencial para reduzir a dor e o tempo de internação hospitalar em comparação com a malha de fibra de celulose salinizada. Esses dados são importantes principalmente para países em desenvolvimento.

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Introduction: The literature has revealed a lack of agreement on the local handling of donor skin graft site. Interestingly, despite the use of cellulose fiber mesh and Jenolet (paraffin) longstanding at donor site graft, searching in PubMed, no studies comparing these two common and cheap type of dressings. Objective: To compare the healing of donor sites for skin grafts with use of Jelonet and cellulose fiber salinated mesh. Methods: A prospective randomized study involved 37 patients admitted to the Burns Unit of the University Hospital of the Ribeirão Preto Medical School–University of São Paulo, Brazil (HCFMRP–USP); 20 and 17 patients used cellulose fiber mesh and paraffin gauze dressing, respectively. The donor sites were comparatively evaluated for bleeding, serous secretion, infection, redness, detachment of dressing, pain intensity (visual analogue scale), and re-epithelization. Results: The groups did not differ significantly in terms of bleeding, serous secretion, infection, local detachment, or redness. However, tissue re-epithelization occurred earlier in the paraffin gauze dressing group as compared with the cellulose fiber mesh group, with statistical difference for the thigh (10.7±2.3 days for the cellulose fiber mesh group, and 8.3±1.63 days for the paraffin gauze dressing group, p= 0.01). Also, pain tended to be less intense in the paraffin gauze group. Paraffin gauze dressing required shorter re-epithelization time and presented a trend to reduce the pain at donor site. Conclusion: Jelonet® promotes faster re-epithelialization in the donor site of skin graft, with the potential to reduce pain and hospital stay when compared with cellulose fiber salinated mesh. These data are important especially for developing countries.

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Introducción: En la literatura no hay ningún consenso sobre el tratamiento de las zonas donantes de injertos de piel. Curiosamente, a pesar de la malla de fibra de celulosa y Jenolet (parafina) que se utiliza desde hace muchos años en los sitios donantes de injertos, en PubMed, no se han encontrado estudios que compararon estos dos tipos de vendajes. Objetivo: Comparar la curación de las zonas donantes de injertos de piel con el uso de Jelonet y fibra de celulosa salinizada. Método: Estudio prospectivo y aleatorio con 37 pacientes ingresados en la Unidad de Quemados del Hospital de la Facultad de Medicina de Ribeirão Preto - Universidad de São Paulo HCFMRP- USP; 20 y 17 pacientes llevaban vendajes con malla de fibra de celulosa y Jenolet respectivamente. Los sitios donantes fueron evaluados en comparación con sangrado, secreción serosa, infección, enrojecimiento, desprendimiento del sitio, la intensidad del dolor (escala analógica visual) y reepitelización. Resultados: Los grupos no difirieron significativamente en términos de sangrado, secreción serosa, infección, desprendimiento de sitio, o enrojecimiento. Sin embargo, reepitelización ocurrió antes en el grupo con el aderezo de parafina en comparación con el grupo con una malla de fibras de celulosa, con diferencia estadística con el muslo (10,7±2,3 días en el grupo de malla de fibra de celulosa y 8,3±1,63 días para el grupo con el vendaje de parafina, p= 0,01). Además, el dolor tendía a ser menos pronunciada en el grupo con aderezo de parafina. Conclusión: Gasa impregnada de parafina (Jelonet) promueve la rápida reepitelización en la zona donante del injerto de piel, con el potencial para reducir el dolor y la estancia hospitalaria en comparación con la malla de fibra de celulosa salinizada. Estos datos son importantes especialmente para los países en desarrollo.

Assuntos

7.

Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-734760

RESUMO

Background: Granulomatous lesions occur in tuberculosis (TB), other infections, toxic, allergic, and autoimmune diseases among others. In absence of a an acid-fast bacilli (AFB) confirmation of TB is necessary. Objective: To assess the efficacy of PCR for TB detection and to correlate with granuloma histology and AFB staining. Methods: We analyzed 380 fixed paraffin-embedded tissues (PETs) of granulomas with and without caseous necrosis; suppurative; sarcoidal; or of chronic nonspecific nature. Nested PCR-IS6110 for Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) and a nested pan-Mycobacterium for the hsp65 gene were used for Mycobacterium spp detection. Results: PCR was more sensitive than AFB staining for all five catageories of granulomas: G1: PCR 71%, AFB staining 28%. G2: PCR 37%, AFB 8%. G3: PCR 17%, AFB staining 7%. G4: PCR 8%, AFB staining 4%. G5: PCR 6%, AFB staining 0%. Conclusions: Molecular diagnosis of TB using PCR-based testing is a fast, efficacious and sensitive method that increased the accuracy of PET histological diagnosis associated with granulomatous lesions.

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Introducción: Lesiones granulomatosas ocurren en tuberculosis (TBC), otras infecciones, condiciones tóxicas, alérgicas y autoinmunes, entre otras. Con baciloscopia negativa, es necesario confirmar el diagnóstico de TBC. Objetivo: Evaluar la eficacia de la RPC para detectar TBC comparado con baciloscopia en relación a la histología del granuloma. Métodos: Analisis de 380 tejidos fijados en formalina e incluidos en parafina (TFFP) con diferentes tipos de granulomas: con necrosis caseosa; sin necrosis caseosa; supurativo; sarcoidal; a cuerpo extraño/inespecífico. Utilizamos RPC anidada-IS6110 para detección del complejo Mycobacterium tuberculosis (MTB) y una pan-RPC anidada-hsp65 para Mycobacterium spp. Resultados: La detección de TBC mediante RPC fue significativamente superior a baciloscopia en los cinco tipos de granuloma: G1: RPC 71%, baciloscopia 28%; G2: RPC 37%, baciloscopia 8%; G3: RPC 17%, baciloscopia 7%; G4: RPC 8%, baciloscopia 4%; G5: RPC 6%, baciloscopia 0%. Conclusión: El diagnóstico de TBC por RPC es un método rápido, eficaz y de gran sensibilidad, que aumenta la precisión del diagnóstico diferencial de lesiones granulomatosas de TFFP procesados rutinariamente en histopatología.

Assuntos

8.

Artigo em Inglês | LILACS | ID: lil-712710

RESUMO

Introduction: The tumor protein p53 gene (TP53) is a constant target of investigation in cancer pathogenesis. Analysis by immunohistochemistry provides limited data about p53 in oral carcinogenesis, and TP53 sequencing can contribute to this analysis. However, obtaining high-quality and contamination-free deoxyribonucleic acid (DNA) for a proper amplification can be a difficult task when using paraffin-embedded tissues. Objective: Standardize DNA extraction, polymerase chain reaction (PCR) amplification and DNA sequencing techniques for TP53 mutation analysis. Material and methods: Thirty-nine cases of oral squamous cell carcinoma (OSCC) were selected from the Pathology Division of Instituto Nacional de Câncer (Inca). The DNA extraction method used was the QIAamp® DNA minikit® system. After DNA quantification by spectrophotometry, 250 ng of genetic material obtained from TP53 gene were amplified by PCR for exon 2 and by nested PCR for exon 6. Out of the total sample, 11 cases were selected for exon 2 sequencing. Results: The DNA samples presented mean concentration of 119.74 ± 88.86 ng/µl (28.9-556.4) and purity of 1.69 ± 0.18 (1-1.9). Thirty-three (84.6%) samples were amplified for exon 2, and all samples for exon 6 (39/100%). Readable sequencing data were obtained in 10 (90.9%) cases. Conclusion: Optimization of conditions for TP53 sequencing was obtained, and this will facilitate the analysis of mutations in paraffin-embedded tissues, allowing molecular retrospective studies...

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Introdução: O gene TP53 (proteína tumoral p53) é alvo constante de investigação na patogênese do câncer. A imuno-histoquímica fornece dados limitados na análise de p53 no processo da carcinogênese bucal e o sequenciamento de TP53 pode contribuir nessa investigação. Contudo, a obtenção de ácido desoxirribonucleico (DNA) com qualidade para amplificação e livre de contaminação pode constituir uma tarefa difícil na utilização de material parafinado. Objetivo: Padronizar as técnicas de extração de DNA, amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento para a análise de mutações em TP53. Material e métodos: Foram selecionados 39 casos de carcinomas de células escamosas bucal da Divisão de Patologia do Instituto Nacional de Câncer (Inca). O DNA foi extraído utilizando o sistema comercial QIAamp® DNA minikit®. Após quantificação do DNA por espectrofotometria, 250 ng de amostra foram amplificados pela técnica de PCR para o éxon 2 e por nested PCR para o éxon 6 do gene TP53. Da amostra total, 11 casos foram selecionados para a padronização da reação de sequenciamento do éxon 2. Resultados: As amostras de DNA apresentaram concentração média de 119,74 ng/µl ± 88,86 (28,9-556,4 ng/µl) e pureza de 1,69 ± 0,18 (1-1,9). Do total das amostras analisadas, 33 (84,6%) foram amplificadas para o éxon 2, e todas (39/100%), para o éxon 6. No sequenciamento do éxon 2 obtiveram-se sequências passíveis de leitura em 10 (90,9%) casos. Conclusão: A otimização das condições para o sequenciamento de TP53 foi obtida, o que facilitará a análise de mutações em tecidos parafinados, permitindo...

Assuntos

9.

Santos, Diego Marques da Costa; Silva, Ananilia Medeiros Gomes da; Bernardino, Caroline Nóbrega; Ribeiro, Anatália; Oliveira, Bruna Lima de; Santos, Isabelle Cristina Clemente dos; Santos, Jéssica Cavalcante dos; Araújo, Jéssica Nayara Góes de; Luchessi, André Ducati; Silbiger, Vivian Nogueira.

Artigo em Português | LILACS | ID: lil-775382

RESUMO

A obtenção de um material genético íntegro e com concentrações satisfatórias para a amplificação de de uma determinada sequência são os principais desafios para o processamento de amostras de tecido preservados em parafina. O presente estudo teve como objetivo comparar três diferentes protocolos de extração de DNA que têm em comum entre si o princípio de extração por silica-gel. Vinte e sete amostras de tecidos tireoidianos preservados em parafina foram processadas por meio de cortes em triplicata de 20um. O método A utilizou tr~es horas na etapa de digestão do tecido, os métodos B e C utilizaram 16 horas para a digestão, sendo que o último utilizou diferentes solventes para reidratar o tecido e solução de fenol-clorofórmio-álcool isoamílico para purificação. Todos os métodos utilizaram em comum o conjunto de reagentes QIAamp DNA mini kit. Na comparação entre as concentrações obtidas de DNA, o método B spresentou maior média (3,7 ng/iL) já o método A obteve valor médio que 1,2 ng/uL e o método C, de 0,7 ng/uL. Todos os protocolos obtiveram valores da relação 260/280 e 260/230 fora dos valores de refer~encia esperado, evidenciando uma perda na qualidade do DNA extraído. O resultado da integridade do DNA, por meio de eletroforese em gel agarose também demonstrou o alto grau de degradação de todos os métodos analisados. Entretanto, foi possível realizar a genotipagem do polimorfismo 174G>C do gene da interleucina 6 em 100% das amostras testadas para o método C, e 66% par a o método A e B. O método C foi o mais reprodutivo para genotipagem , apesar do maior custo e tempo de processamento, sendo este método mais indicado para a implementação na rotina laboratorial de biologia molecular para amostras preservadas em parafina.

Assuntos

10.

Artigo em Espanhol | CUMED | ID: cum-68550

RESUMO

Introducción: Helicobacter pylori es considerado uno de los principales agentes causales de gastritis crónica, úlcera péptica y neoplasias gástricas malignas en humanos. Objetivo: evaluar el uso de la reacción en cadena de la polimerasa para la identificación de H. pylori y sus genotipos en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Material y Métodos: se estudiaron secciones de 5 bloques de parafina procedentes de 5 pacientes mexicanos con neoplasias gástricas malignas. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para la detección del microorganismo y sus genotipos. Resultados: la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa identificó a este agente infeccioso en todos los bloques analizados en correspondencia con su detección a través de las técnicas histológicas. Esta metodología permitió demostrar una variabilidad genética del patógeno en las muestras analizadas según los genotipos vacA y cagA. Conclusiones: la reacción en cadena de la polimerasa podría ser un método eficaz en la identificación del H. pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Esta se perfila como una estrategia atractiva para realizar estudios de epidemiología molecular y permitirá establecer posibles asociaciones de genotipos/ subtipos del microorganismo con variables clínicas, epidemiológicas y de manejo del paciente(AU)

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Introduction: Helicobacter pylori is considered one of the main causal agents of chronic gastritis, peptic ulcer and gastric malignant neoplasms in humans. Objective: to evaluate polymerase chain reaction for identification of Helicobacter pylori and its genotypes in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. Material and Methods: sections of five paraffin blocks from five patients with gastric malignant neoplasms were studied. They were analyzed through routine and special stains of pathological anatomy, as well as the polymerase chain reaction technic for microorganism and genotypes detection. Results: the infectious agent was identified in all of the analyzed blocks through the polymerase chain reaction technic in correspondence with its detection through histologic techniques. This methodology showed a genetic variability of the pathogen in the analyzed samples in respect to vacA and cagA genotypes. Conclusions: the polymerase chain reaction could be an efficacious method for the identification of H. pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. It is projected as an attractive strategy for performing studies of molecular epidemiology and the establishment of possible associations between genotypes/subtypes of the microorganism and clinic or epidemiologic variables, and patient handling(AU)

Assuntos

11.

Artigo em Espanhol | LILACS-Express | LILACS | ID: lil-703765

RESUMO

En el presente trabajo se llevó a cabo la extracción de ADN de biopsias cervicales con informe citológico de lesión intraepitelial cervical, incluidas en bloques de parafina, utilizando el “QIAamp DNA mini kit” (QIAGEN, Alemania) y la detección del Virus de Papiloma Humano (VPH). En el procedimiento original se eliminó la incubación en xilol, reduciendo los lavados del material biológico; la calidad de los ADNs extraídos fue probada mediante PCR para la detección del gen de la β-globina y del VPH, obteniéndose 84,3% y 28,1% de positividad, respectivamente. Estos resultados fueron comparables a los de otros trabajos similares y evidencian la obtención de ADN celular amplificable por PCR a partir de muestras parafinadas, que pudo ser utilizado eficientemente en procedimientos moleculares, eliminando la toxicidad del xilol y disminuyendo la manipulación del material biológico al reducir los lavados.

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In the present study, DNA from cervical biopsies with a cytological report of intraepithelial cervical lesion and embedded in paraffin blocks was extracted using the “QIAamp DNA mini kit” (QIAGEN, Germany), and the Human Papyloma Virus (HPV) was detected. In the original procedure, the xylene incubation was eliminated, therefore reducing the washes of the biological material; the quality of the DNA extracted was tested by PCR for detecting the β-globine gene and HPV, with 84.3% and 28.1% positivity, respectively. These results were comparable to those of other similar studies, and they demonstrate that it is possible to obtain PCR amplifiable cellular DNA from paraffin embedded samples which can be used efficiently for molecular procedures, eliminating xylene toxicity, and decreasing the manipulation of the biological material by reducing washes.

12.

Artigo em Espanhol | LILACS-Express | LILACS | ID: lil-677596

RESUMO

Introducción: Helicobacter pylori es considerado uno de los principales agentes causales de gastritis crónica, úlcera péptica y neoplasias gástricas malignas en humanos. Objetivo: evaluar el uso de la reacción en cadena de la polimerasa para la identificación de H. pylori y sus genotipos en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Material y Métodos: se estudiaron secciones de 5 bloques de parafina procedentes de 5 pacientes mexicanos con neoplasias gástricas malignas. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para la detección del microorganismo y sus genotipos. Resultados: la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa identificó a este agente infeccioso en todos los bloques analizados en correspondencia con su detección a través de las técnicas histológicas. Esta metodología permitió demostrar una variabilidad genética del patógeno en las muestras analizadas según los genotipos vacA y cagA. Conclusiones: la reacción en cadena de la polimerasa podría ser un método eficaz en la identificación del H. pylori en tejidos gástricos con neoplasias malignas embebidos en parafina. Esta se perfila como una estrategia atractiva para realizar estudios de epidemiología molecular y permitirá establecer posibles asociaciones de genotipos/subtipos del microorganismo con variables clínicas, epidemiológicas y de manejo del paciente.

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Introduction: Helicobacter pylori is considered one of the main causal agents of chronic gastritis, peptic ulcer and gastric malignant neoplasms in humans. Objective: to evaluate polymerase chain reaction for identification of Helicobacter pylori and its genotypes in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. Material and Methods: sections of five paraffin blocks from five patients with gastric malignant neoplasms were studied. They were analyzed through routine and special stains of pathological anatomy, as well as the polymerase chain reaction technic for microorganism and genotypes detection. Results: the infectious agent was identified in all of the analyzed blocks through the polymerase chain reaction technic in correspondence with its detection through histologic techniques. This methodology showed a genetic variability of the pathogen in the analyzed samples in respect to vacA and cagA genotypes. Conclusions: the polymerase chain reaction could be an efficacious method for the identification of H. pylori in paraffin embedded gastric tissues with malignant neoplasms. It is projected as an attractive strategy for performing studies of molecular epidemiology and the establishment of possible associations between genotypes/subtypes of the microorganism and clinic or epidemiologic variables, and patient handling.

13.

Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-696127

RESUMO

Los tejidos fijados en formol e incluidos en parafina son una fuente de material para hallazgos moleculares en el ámbito clínico y científico, demostrándose que el ADN extraído de éstos, es adecuado para amplificación a través de la reacción en cadena de la polimerasa (RCP). En este estudio, se ensayaron tres métodos de extracción de ADN en tejidos incluidos en parafina, con el objetivo de comparar la eficiencia de estos para obtener ADN adecuado, además se analizó su utilidad en amplificación por RCP. Se emplearon tres muestras, correspondientes a una biopsia de pulmón, legrado endometrial y ganglio linfático, todas fijadas en formaldehido al 10% e incluidas en parafina. Utilizándose tres métodos diferentes de extracción de ADN (extracción por salting out, método modificado de Sambrook y kit comercial) El ADN obtenido se cuantificó por espectrofotometría, además se realizó electroforesis en gel de agarosa al 1%, para comprobar si el ADN era de buena calidad y se realizó RCP para el exón 3 del gen caveolina 1. Todos los métodos dieron como resultado una buen producto de ADN genómico, observándose mayor cantidad y pureza en los métodos de salting out y kit comercial, asimismo se obtuvo amplificación del producto esperado por estos dos métodos, no hubo buenos resultados con el ADN extraído por el método modificado "Preparation of Genomic DNA from Mouse Tails y Other Small samples, según Sambrook". El ADN obtenido a partir de tejidos FFIP puede ser amplificado por varios métodos, entre estos, la extracción por salting out es útil y con poca toxicidad, permite obtener ADN de buena calidad para amplificación por RCP.

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Formalin-fixed and paraffin-embedded tissues are a source of important molecular findings in clinical and scientific, demonstrating that the DNA extracted from these is suitable for amplification by polymerase chain reaction (PCR). In this study, we tested three methods of DNA extraction, in order to compare the efficiency of these DNA for RCP amplification. Three samples were used, corresponding to a lung biopsy, endometrial curettage and lymph node, all fixed in 10% formaldehyde and embedded in paraffin. Three different methods were used for DNA extraction (extraction by salting out, modified Sambrook method and commercial kit) The DNA obtained was analyzed by spectrophotometry, and gel electrophoresis was performed in 1% agarose to check if the DNA was amplifiable. PCR was performed for exon 3 of caveolin-1 gene. All methods resulted in a good product of genomic DNA, obtaining more quality and purity in the salting out and commercial kit methods. Also, we obtained amplification of the product by these two methods, without favorable results with the DNA extracted by the modified "Preparation of Genomic DNA from Mouse Tails and Other Small samples, according to Sambrook et al." The DNA obtained from FFPE can be amplified by several methods, among them, salting out extraction is an easy, effective and low toxicity for obtaining good quality DNA for PCR amplification.

Assuntos

14.

Artigo em Espanhol | CUMED | ID: cum-67380

RESUMO

Introducción: la presencia de un nódulo en la glándula tiroides continúa siendo un reto para los cirujanos. El riesgo de no detectar una neoplasia maligna persiste, incluso con la biopsia intraoperatoria por congelación. Varios autores opinan que esta produce un elevado número de resultados no concluyentes. La ecografía tiroidea y la citología con aguja fina, sumadas a la correcta evaluación clínica se han convertido en los pilares fundamentales que permiten un manejo más racional de los nódulos tiroideos. Objetivo: comparar los resultados de la biopsia intraoperatoria por congelación con la citología con aguja fina guiada por ecografía con la biopsia por parafina.Métodos: se realizó un estudio de corte transversal, de 331 pacientes operados por presentar afecciones de la glándula tiroides. Para el análisis se tomaron en cuenta los resultados verdaderos positivos, falsos positivos, verdaderos negativos, falsos negativos y los sospechosos o dudosos. A estos resultados se le aplicó la prueba de Galem y Gambino para obtener la sensibilidad, especificidad, valores predictivos y eficiencia de ambos procederes. Resultados: el 58 por ciento de la serie correspondió a afecciones benignas y el 42 por ciento a las malignas. La citología con aguja fina guiada por ecografía mostró especificidad (99,1 por ciento), sensibilidad (99,2 por ciento), valor predictivo negativo (99,2 por ciento), eficiencia (97,1 por ciento), y sensibilidad completa (99,2 por ciento).Conclusiones: la citología con aguja fina guiada por ecografía resulta ser un proceder confiable para establecer el diagnóstico preoperatorio en los nódulos tiroideos(AU)

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Introduction: Thyroid nodules continue to pose a challenge to surgeons. The risk of not detecting a malignant neoplasia persists, even when an intraoperative frozen section biopsy is performed. Several authors are of the opinion that this test yields a large number of inconclusive results. Thyroid echography and fine-needle cytology, in combination with an appropriate clinical evaluation, have become the main pillars of a more rational management of thyroid nodules. Objective: compare the results of intraoperative frozen section biopsy with echography-guided fine-needle cytology with paraffin biopsy (PB). Methods: across-sectional study was conducted of 331 patients operated on for thyroid gland disorders. True positive, false positive, true negative, false negative and suspicious or doubtful results, were all taken into account in the analysis. The Galen and Gambino test was applied to these results to obtain the sensitivity, specificity, predictive values and efficiency of both procedures. Results: 58 percent of the series corresponded to benign disorders and 42 percent to malignant disorders. Echography-guided fine-needle cytology showed specificity (99.1 percent), sensitivity (99.2 percent), negative predictive value (99.2 percent), efficiency (97.1 percent), and full sensitivity (99.2 percent). Conclusions: echography-guided fine-needle cytology is a reliable procedure to establish the preoperative diagnosis of thyroid nodules(AU)

Assuntos

15.

Artigo em Espanhol | LILACS-Express | LILACS | ID: lil-657911

RESUMO

La presencia de un nódulo en la glándula tiroides continúa siendo un reto para los cirujanos. El riesgo de no detectar una neoplasia maligna persiste, incluso con la biopsia intraoperatoria por congelación. Varios autores opinan que esta produce un elevado número de resultados no concluyentes. La ecografía tiroidea y la citología con aguja fina, sumadas a la correcta evaluación clínica se han convertido en los pilares fundamentales que permiten un manejo más racional de los nódulos tiroideos. Objetivo: comparar los resultados de la biopsia intraoperatoria por congelación con la citología con aguja fina guiada por ecografía con la biopsia por parafina. Métodos: se realizó un estudio de corte transversal, de 331 pacientes operados por presentar afecciones de la glándula tiroides. Para el análisis se tomaron en cuenta los resultados verdaderos positivos, falsos positivos, verdaderos negativos, falsos negativos y los sospechosos o dudosos. A estos resultados se le aplicó la prueba de Galem y Gambino para obtener la sensibilidad, especificidad, valores predictivos y eficiencia de ambos procederes. Resultados: el 58 % de la serie correspondió a afecciones benignas y el 42 % a las malignas. La citología con aguja fina guiada por ecografía mostró especificidad (99,1 %), sensibilidad (99,2 %), valor predictivo negativo (99,2 %), eficiencia (97,1 %), y sensibilidad completa (99,2 %). Conclusiones: la citología con aguja fina guiada por ecografía resulta ser un proceder confiable para establecer el diagnóstico preoperatorio en los nódulos tiroideos...

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"Thyroid nodules continue to pose a challenge to surgeons. The risk of not detecting a malignant neoplasia persists, even when an intraoperative frozen section biopsy is performed. Several authors are of the opinion that this test yields a large number of inconclusive results. Thyroid echography and fine-needle cytology, in combination with an appropriate clinical evaluation, have become the main pillars of a more rational management of thyroid nodules. Objective: compare the results of intraoperative frozen section biopsy with echography-guided fine-needle cytology with paraffin biopsy (PB). Methods: across-sectional study was conducted of 331 patients operated on for thyroid gland disorders. True positive, false positive, true negative, false negative and suspicious or doubtful results, were all taken into account in the analysis. The Galen and Gambino test was applied to these results to obtain the sensitivity, specificity, predictive values and efficiency of both procedures. Results: 58 % of the series corresponded to benign disorders and 42 % to malignant disorders. Echography-guided fine-needle cytology showed specificity (99.1 %), sensitivity (99.2 %), negative predictive value (99.2 %), efficiency (97.1 %), and full sensitivity (99.2 %). Conclusions: echography-guided fine-needle cytology is a reliable procedure to establish the preoperative diagnosis of thyroid nodules...

16.

Artigo em Português | LILACS | ID: lil-610899

RESUMO

INTRODUÇÃO: Tecidos fixados em formalina e emblocados em parafina (FFEP) são importantes fontes de amostras para estudos retrospectivos. Apesar de sua capacidade de preservação de proteínas e morfologia celular, a formalina interfere negativamente em testes de biologia molecular por fragmentar e modificar quimicamente os ácidos nucleicos, particularmente o ácido ribonucleico (RNA). OBJETIVO: Comparar a eficiência de três diferentes protocolos de extração de RNA para análise de expressão gênica de tecidos FFEP. MATERIAL E MÉTODOS: Amostras de linfonodo humano FEEP foram submetidas à extração de RNA utilizando-se os kits Ambion e Arcturus Bioscience e o método clássico de Trizol. Após a extração, o RNA foi quantificado e testado quanto à sua capacidade de amplificação pela reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) utilizando primers do gene endógeno gliceraldeído-3 fosfato desidrogenase (GAPDH). DISCUSSÃO/CONCLUSÃO: Todos os protocolos testados produziram quantidades adequadas e suficientes de RNA total, entretanto, somente os protocolos com uso dos kits Ambion e Arcturus produziram RNA capaz de ser amplificado pela PCR.

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INTRODUCTION: Formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissues are an important sample source for retrospective studies. Despite its ability to preserve proteins and cell morphology, formalin hinders Molecular Biology tests once it fragments and chemically modifies nucleic acids, particularly RNA. OBJECTIVE: To compare the efficiency of three different RNA extraction protocols for gene expression analysis of FFEP tissues. MATERIAL AND METHODS: RNA was extracted from FFPE samples of human lymph by means of Ambion and Arcturus Bioscience kits and the classical Trizol method. After extraction, RNA was quantified and tested for amplification through real time polymerase chain reaction (RT-PCR) using glyceraldehydes-3 phosphate dehydrogenase (GAPDH) endogenous gene primers. DISCUSSION/CONCLUSION: All the protocols produced sufficient and adequate amounts of total RNA. However, only protocols using Arcturus and Ambion kits generated suitable RNA for PCR amplification.

Assuntos

17.

Artigo em Português | LILACS | ID: lil-604377

RESUMO

Os avanços tecnológicos e metodológicos da biologia molecular criaram a possibilidade de obter DNA de amostras teciduais estocadas em blocos de parafina, alternativa esta que permite estudos retrospectivos de grandes bancos de tecidos contendo inúmeras doenças raras. O objetivo deste trabalho foi a realização de uma breve revisão de alguns fatores inerentes à qualidade do produto extraído proveniente de blocos de parafina armazenados. Os processos envolvidos nas fases de prefixação, fixação, pós-fixação apresentam aspectos que são causa de resultados de produtos finais insatisfatórios. Na fase de prefixação, alterações bioquímicas influenciam na preservação das macromoléculas. As mudanças moleculares causadas pelos fixadores para evitar autólise celular podem ser um limitante no momento da extração de DNA. A qualidade do DNA obtido nas duas primeiras fases é considerada importante para os procedimentos de pós-fixação (extração e purificação do DNA). Existem na literatura vários protocolos, com diferentes passos que podem ser modificados, para a obtenção de DNA de material parafinado. Assim, a compreensão das reações em cada fase é importante para solucionar ou minimizar problemas, que influenciam na qualidade das macromoléculas de DNA.

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Technological and methodological advances in molecular biology have enabled the obtainment of DNA from paraffin embedded tissue, thus allowing the use of extensive pathological archive sources and samples of uncommon diseases in retrospective studies. The aim of this work was to carry out a brief review of some factors inherent in the quality of product from paraffin embedded material. The processes involved in the pre-fixation, fixation and post-fixation phases have several aspects that may result in unsatisfactory final products. In the pre-fixation phase, biochemical changes influence the preservation of macromolecules. The molecular changes caused by fixation, an attempt to prevent cell autolysis, may be a limiting factor at the time of DNA extraction. The quality of DNA obtained in the first two phases is regarded important for post-fixation procedures (DNA extraction and purification). In the literature there are several protocols whose steps can be modified to obtain DNA from paraffin embedded material. Therefore, the understanding of reactions at each stage is important in order to solve or minimize problems that interfere in the quality of DNA macromolecules.

Assuntos

18.

Univ. sci; 14(1): 86-91, ene.-abr. 2009. graf

Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-603988

RESUMO

Desarrollar dosímetros de alanina y alanina/parafina con miras a atender la creciente utilización de la radiación ionizante a nivel tecnológico. Materiales y métodos. Los radicales libres producidos por la radiación ionizante en la alanina se detectan por resonancia magnética electrónica (ESR); la parafina se utiliza como aglutinante. La metodología de preparación incluye: elaboración, irradiación, lectura y análisis de datos para los dos tipos de dosímetros. Los espectros ESR estudiados corresponden a dosímetros de alanina con masas entre 60 y 120 mg e irradiados con dosis de 10 y 20 Gy, y dosímetros de alanina/parafina de 160 mg e irradiados con diferentes dosis en un haz de fotones de 4 MV. Resultados. La intensidad de los espectros (las cinco líneas características) depende de las dosis recibidas por los dosímetros y su relación es lineal. Con alanina pura y una dosis de 10 Gy la mínima cantidad requerida fue 120 mg; la compactación del cilindro lograda no fue suficiente para evitar la fragmentación parcial del dosímetro. La parafina no tiene señal paramagnética; en los dosímetros de alanina/parafina (cilindros de longitud 13 mm y diámetro 3.5 mm, en la relación 80:20, y buena dureza) se estudió la respuesta señal ESR-dosis en un rango entre 20 y 120 Gy. Conclusiones. Los cilindros de alanina/parafina fabricados tienen una dureza apropiada para ser manipulados como dosímetros de radiación ionizante; su reproducibilidad y la efectividad en la acumulación de dosis es buena...

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Elaboration of alanine dosimeters and their possible applications in professional risks. Objective. To develop dosimeters of alanine and alanine/paraffin in order to meet the growing use of ionizing radiation at the technological level. Materials and methods. Free radicals produced by ionizing radiation in alanine are detected by electron spin resonance (ESR); paraffin is used as binder. The methodology ofpreparation includes: elaboration, irradiation, data collection and data analysis for the two types of dosimeters. The ESR spectra studied correspond to alanine dosimeters with masses between 60 and 120 mg and irradiated with doses of 10 and 20 Gy, and alanine/paraffin dosimeters with 160 mg and irradiated with different doses in a beam of photons 4 MV. Results. The intensity of the spectra (thecharacteristic five lines) depends on the doses received by the dosimeters and their relationship is linear. With pure alanine and a dose of 10 Gy, the minimum amount required was 120 mg; the achieved cylinder compaction was not sufficient to avoid the partial fragmentation of the dosimeter. Paraffin has no paramagnetic signal; in the alanine/paraffin dosimeters (cylinders of 13 mm in length and 3.5 mm of diameter, with a ratio 80:20, and good hardness) the response signal ESR-dose was studied in a range between 20 and 120 Gy. Conclusions. The cylinders of alanine/paraffin manufactured have an appropriate hardness to be handled as dosimeters of ionizing radiation; their reproducibility and effectiveness in the accumulation of dose is good...

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Elaboração de dosímetros de alanina e suas possíveis aplicações em riscos profissionais. Objetivo. Desenvolver dosímetros de alanina e alanina/parafina com a finalidade de satisfazer a crescente utilização de radiações ionizantes ao nível tecnológico. Materiais e métodos. Os radicais livres produzidos pela radiação ionizante na alanina são detectados por ressonância magnética eletrônica (EPR); a parafina é utilizada como aglutinante. O método de preparação inclui: elaboração, irradiação, leitura e analise dos dados para os dois tiposde dosímetros. Os espectros ESR estudados correspondem a dosímetros de alanina com massas entre 60 e 120 mg e irradiados com doses de 10 e 20 Gy, e dosímetros de alanina/parafina de 160 mg e irradiados com diferentes doses de um feixe de fótons de 4 MV. Resultados.A intensidade dos espectros (as cinco linhas características) depende das doses recebidas pelos dosímetros e sua relação é linear. Com lanina pura e uma dose de 10 Gy a mínima quantidade requerida foi de 120 mg; a compactação do cilindro alcançada não foi suficiente para evitar a fragmentação parcial do dosímetro. A parafina não tem sinal paramagnético; nos dosímetros de alanina/parafina (cilindros de 13 mmde comprimento e 3,5 mm de diâmetro, na proporção 80:20 e boa dureza) foi estudada a resposta a sinal ESR-dose em um intervalo entre 20 e 120 Gy. Conclusões. Os cilindros de alanina/parafina fabricados têm uma dureza adequada para ser tratados como dosímetros de radiação ionizante; sua reprodutibilidade e eficiência no acúmulo de dose é bom...

Assuntos

19.

Artigo em Espanhol | CUMED | ID: cum-38039

RESUMO

Introducción: Pneumocystis jiroveci es uno de los más frecuentes patógenos oportunistas que afectan a los pacientes con el síndrome de inmunodeficiencia adquirida. Objetivo: detectar P. jiroveci en tejidos embebidos en parafina mediante la reacción en cadena de la polimerasa. Métodos: se emplearon 6 bloques de parafina procedentes de 3 fallecidos por sida y neumonía por P. jiroveci. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para el diagnóstico del microorganismo. Resultados: con la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa se identificó este agente infeccioso en los bloques de parafina estudiados. Se logró detectar P. jiroveci hasta una dilución de 1:100 del material genético extraído de cada bloque. Conclusiones: contar con métodos moleculares que permitan identificar P. jiroveci en tejido parafinado abre el camino para la determinación de los genotipos involucrados en la pandemia sida cubana y permitirá determinar si la cepa infectante, en los casos que resulten fatales, presenta resistencia a los fármacos empleados(AU)

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Background: Pneumocystis jiroveci is one of the most frequent opportunistic pathogens affecting the patients with the acquired immunodeficiency syndrome. Objective: to detect P. jiroveci in paraffin-embedded tissues by means of the polymerase chain reaction. Methods: six paraffin blocks from 3 dead persons who died from AIDS and P. jiroveci pneumonia. Routine and special staining of the pathological anatomy together with the PCR for diagnosis were performed. Results: the PCR identified this infective agent in the studied paraffin blocks. It was possible to detect P. jiroveci up to 1:100 dilution of the genetic material extracted from each block. Conclusions: the availability of molecular methods to identify P. jiroveci in paraffined tissue opens up the road to determination of genotypes involved in the Cuban AIDS pandemics and will allow ascertaining whether the infective strain, in fatal cases, is resistant to the drugs that are being used(AU)

Assuntos

20.

Artigo em Espanhol | LILACS | ID: lil-515737

RESUMO

Introducción: Pneumocystis jiroveci es uno de los más frecuentes patógenos oportunistas que afectan a los pacientes con el síndrome de inmunodeficiencia adquirida. Objetivo: detectar P. jiroveci en tejidos embebidos en parafina mediante la reacción en cadena de la polimerasa. Métodos: se emplearon 6 bloques de parafina procedentes de 3 fallecidos por sida y neumonía por P. jiroveci. Se realizaron coloraciones de rutina y especiales de anatomía patológica, así como la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa para el diagnóstico del microorganismo. Resultados: con la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa se identificó este agente infeccioso en los bloques de parafina estudiados. Se logró detectar P. jiroveci hasta una dilución de 1:100 del material genético extraído de cada bloque. Conclusiones: contar con métodos moleculares que permitan identificar P. jiroveci en tejido parafinado abre el camino para la determinación de los genotipos involucrados en la pandemia sida cubana y permitirá determinar si la cepa infectante, en los casos que resulten fatales, presenta resistencia a los fármacos empleados.

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Background: Pneumocystis jiroveci is one of the most frequent opportunistic pathogens affecting the patients with the acquired immunodeficiency syndrome. Objective: to detect P. jiroveci in paraffin-embedded tissues by means of the polymerase chain reaction. Methods: six paraffin blocks from 3 dead persons who died from AIDS and P. jiroveci pneumonia. Routine and special staining of the pathological anatomy together with the PCR for diagnosis were performed. Results: the PCR identified this infective agent in the studied paraffin blocks. It was possible to detect P. jiroveci up to 1:100 dilution of the genetic material extracted from each block. Conclusions: the availability of molecular methods to identify P. jiroveci in paraffined tissue opens up the road to determination of genotypes involved in the Cuban AIDS pandemics and will allow ascertaining whether the infective strain, in fatal cases, is resistant to the drugs that are being used.

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ENVIAR RESULTADO:

Quais interferentes podem comprometer a extração de DNA?

Quais cuidados se deve ter durante a extração do DNA?

Qual a importância de se extrair o DNA como é feita a extração?

Quais são as etapas para a extração do DNA passei direto?